医院设有多个权威专业诊疗科：内科、外科、普外科、儿科、骨科、耳鼻喉科、肛肠科、美容科、皮肤科、妇科炎症诊疗科、宫颈疾病诊疗科 、无痛综合性产科、计划生育诊疗科、妇科肿瘤治疗科、妇科微创诊疗科、不孕不育诊疗科、胆囊微创诊疗科、男性性功能诊疗科、前列腺诊疗科、泌尿性疾病诊疗科、省市医保诊疗科、司法鉴定科、急诊医学科、健康体检管理中心等。其中内、外科是医院的品牌科室；妇科是由国内一流医学专家领衔的高技术水平团队；产科是医院新近开放的孕产妇姐妹们最理想的健康宝宝诞生基地，是云南省内少数有能力倡导“导乐助产”的医疗机构；不孕不育诊疗科汇聚了多名我国著名的不孕不育症专家；云南协和医院体检中心是云南省最具权威的专业体检机构。
